ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－。
E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、
因縁の敵・アシュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、
アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、
聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！

wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。
シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る！

皇暦2017年（革命暦228年）、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）との戦いは続いている――。
作戦を終えワルシャワ駐屯地に合流したアキトたちワイヴァン隊だが、とある人物の嫌がらせによりID登録を抹消され、
駐屯地に戻れなくなってしまう。路頭に迷ったアキトたちは、偶然旅の生活をする個性豊かな老婆たちと出会い、
思わぬ平和なひとときを過ごす。そこで互いの過去を知るアキトとレイラ。リョウ、ユキヤ、アヤノたちとも次第に打ち解けていく。
神聖ブリタニア帝国皇帝シャルルの直属の騎士団、ナイトオブラウンズの一人である枢木スザクを従え、
ユーロ・ブリタニアに着任した謎の軍師ジュリアス・キングスレイは、シャルル皇帝の威光の下に対E.U.戦線の全権を掌握する。
冷静な目でキングスレイ卿の作戦を見つめるシン・ヒュウガ・シャイングだったが、彼自身もまた、自らの野望を実現するため大きな一歩を踏み出そうとする。

皇暦2017年（革命暦228年）、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦争は続いていた。劣勢のE.U.軍は、イレヴン――ブリタニアに占領された亡国の日本人――を集めた特殊部隊、wZERO隊を設立した。そして、wZERO隊に新たな指令が下る。それは陽動のため敵中降下を命じる過酷な内容だった。ｗZERO隊のパイロットは、隊長のレイラ以下、先の戦闘での唯一の生き残り日向アキト、イレヴンのゲットーを逃げ出し闇社会で生きてきたリョウ、ユキヤ、アヤノのみ。それぞれがさまざまな思惑を抱えたまま、作戦は発動する。一方、ユーロ・ブリタニアでは恩人を謎の力“ギアス”で自死させたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥に任命される。自らの野心のために着々とあゆみを進めるシンと、配下のアシュラ隊に出動命令が下る。

闘う為に生きる者と、生きる為に闘う者。
凄惨極まる戦場のさなか、恐るべき真の力を発揮したアキトと、シンがついに相まみえる！

日向アキトは最悪の戦場にいた。
ブリタニア軍に包囲されたユーロピア共和国連合（E.U.）132連隊を救うためのナルヴァ撤退作戦。
ナイトメアフレーム・アレクサンダに取付けられた自爆装置と、 カミカゼをあてにする無能なwZERO部隊隊長によって死んでいく仲間。
アキトは、その逆境の戦場で終わるあてのない戦いを繰り広げる。
そして誰もが部隊の全滅を予想した時、wZERO部隊参謀レイラが動く・・・。

ブリタニアに占領され“エリア11”となった祖国日本。
その余波を受け、E.U.領内の多くの日本人は収容所に収容された。
アキトに残されたのは、E.U.の地でイレヴンと蔑まれながら生きるための戦いを続ける道だけ。
アキトは己を一つのナイフのようにとぎすませることで、その日々を生き抜いている。 だが、牙を失わず、生きるための戦いを続ける若きイレヴンは彼だけではなかった。 佐山リョウ率いるグループは、自由を勝ち取るためある計画を仕掛ける。
様々な思惑が渦巻く中、アキトはこのE.U.で生き抜くことが出来るのか？